PDFtk — консольная программа для выполнения различных операций с отдельными страницами или многостраничными документами в формате PDF.

https://www.pdflabs.com/

pdfchain — графический интерфейс к pdftk, написан на GTKmm — библиотеке GTK+ для C++.

Программа предназначена для облегчения работы с PDF-файлами: объединения, разделения, добавления фона, штампов и вложений, и других операций.

http://pdfchain.sourceforge.net/

https://apps.ubuntu.com/cat/applications/saucy/pdfchain/

apt-get install pdfchain

apt-get install pdftk

pdftk input.pdf 2.pdf cat output output.pdf
pdftk *.pdf cat output output.pdf

pdftk input.pdf cat 1-endsouth output 2.pdf

pdftk input.pdf cat 1east 2-end output 1.pdf

https://ru.wikipedia.org/wiki/Pdftk

Записки дебианщика: Как объединить и разбить PDF в Linux подручными средствами

PDFtk Server Examples

http://zenway.ru/page/pdf-chain